中心紧扣“社会稳定和长治久安”总目标，从四个方面开展了研究。一是西域（新疆）研究学术史。建设目标为构建中国有关西域研究的学术话语体系。中心孟楠教授参与《中央新疆工作协调小组关于新疆若干历史问题研究座谈纪要》《新疆的若干历史问题白皮书》的撰写。周轩教授针对美国“新清史”代表人物欧立德在《乾隆帝》一书中的错误观点一一进行了驳斥，2篇文章被中宣部清史研究办公室采纳，为我国在清史研究上的话语体系做出了积极贡献。关于中亚学者、俄国学者、美日学者对西域（新疆）历史的研究已纳入到“新疆大学西北边疆治理文献数据研究中心”的建设方案之中，本中心承担全部工作任务。二是新疆社会治理研究。建设目标是构建新疆社会治理研究的学术体系。2017年李中耀教授获批教育部重大公关项目“新形势下新疆社会稳定和长治久安重大问题研究”。周轩教授2018年获批“新疆流人与流人史”的国家社科基金重大招标项目。吴轶群副教授2018年获批国家社科基金项目“清代新疆地方行政制度与基层社会治理”。2019年6月与教育部文科基地共同举办了“清代西北边疆治理学术研讨会”，中心4位研究人员围绕清代新疆治理的主题在大会上做了交流发言。三是新疆民族与宗教研究。建设目标是建立完善的新疆民族与宗教研究体系，为民族团结与社会稳定做出贡献。2019年我中心获批国家社科基金新疆历史专项3项：万雪玉教授“近代新疆各民族反抗外国侵略研究”，孟楠教授“新疆各民族交流融合史研究”，李乐教授“新时代巩固新疆各族群众五个认同研究”。四是新疆历史与地理文献整理研究。建设目标为构建中国西域历史研究话语体系提供坚实的文献资料基础。本中心周轩教授被聘为新疆文库出版编辑委员会副主任兼编务总监，2017年修订再版《清实录新疆资料辑录》，出版《林则徐选集》。周轩教授《乾隆帝新疆诗文》，管守新教授《<上谕档>新疆资料辑录》，吴轶群副教授《辛亥革命新疆资料辑录》即将出版。

2016-2020年期间，中心专兼职研究人员31人，获批立项各级各类科研项目数量大幅提升，发表学术论文增幅较大，中心成员在五年间共获得各类省部级科研奖9项，其他奖项33项。